A única espécie vegetal sobrevivente da época das descobertas é o dragoeiro, cuja maior concentração se situa em São Nicolau, Brava e Santo Antão. Têm sido levados a cabo programas para proteger as espécies endêmicas e de reflorestamento, com especial incidência na ilha de Maio, que tem atualmente o maior perímetro florestal do país. As principais espécies animais existentes são marinhas ou aves migratórias. Estima-se em 75 o número de espécies de aves raras que habitam, sobretudo, o ilhéus protegidos como reservas naturais. As tartarugas também são visitantes assíduas. No interior da ilha de Santiago existe uma pequena comunidade de babuínos.
A pureza e temperatura da água, que varia entre os 21º e os 25º, associadas à existência de plataformas submarinas de corais, atraem uma fauna muito variada de espécies permanentes e migratórias. Os mariscos também são abundantes. Por outro lado, algumas praias do Sal, Boavista e Maio são hoje autênticos viveiros de tartarugas marinhas que as procuram na época da desova. 
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